第3章：仿生人大卫和沃特
天色已黑，着陆舱的火球照亮了天空。丹尼尔斯死命按住想冲进火堆营救妻子的布兰森，背后却又传来一声声惨叫。队员们愕然看到有生物和着鲜血从汤姆的口中冲出，迅速长大窜进草丛。在草丛的掩护下，异形像鬼影一样发动了袭击。几名队员还没反应过来，就惨遭毒手。为了保护丹尼尔斯，沃特还被咬掉了左手。突然，一颗闪光弹冲向天空把地面照得雪白，鬼魅般的异形才躲进阴暗处，没了踪影。大家这才看到有一个人站在不远处。
躲过一劫的船员们没了着陆舱，只能紧跟着陌生人来到藏身处。这里像是远古的宗教建筑，从石门中进去，只见巨大的广场上堆满了焦黑的巨人尸体。进到深处，陌生人才转身。他叫大卫，是“普罗米修斯号”上的仿生人。此时大家才从大卫的口中，得知整件事的来龙去脉。
十年前，伊丽莎白·肖恩在维兰德集团的资助下执行寻宗任务。她相信地球上的人类是由外星人类创造，因此称他们为“工程师”。但在接触到了工程师，明白他们的真实目的后，“普罗米修斯号”的幸存者伊丽莎白和大卫驾驶着工程师建造的飞船，携带着飞船里的生化武器“黑水炸弹”来到工程师的母星（详见第一部《普罗米修斯》）。外面的焦尸就是这个星球上原先进文明的人类，雷德沃和汤姆感染的就是黑水残留的病原体。病原体是由工程师掌握的科技设计，会感染任何非植物生命。感染后，病原体会结合并改造宿主基因，生成极具攻击性的混合体。至于随同前来的伊丽莎白·肖恩，则在飞船坠毁时死亡。
惊魂未定的布兰森船长没有怀疑大卫所说的话，甚至没有注意大卫在听到契约号上有两千殖民者时，把那些人说成“冤魂”。也正是因为这个疏忽，布兰森让自己的团队陷入更大的危险之中。
因风暴的范围越来越大，阻断了远征队与契约号之间的联络。大雨倾盆而下，布兰森和队员只能呆在大卫所住的庙堂里。沃特好奇的看着大卫的家，他也就成了大卫最先下手的目标。大卫是维兰德集团创始人彼得制造的第一个人造人，有着独特的思维方式。彼得也曾培养他去了解人类更高层次的认知，比如艺术、情感。当时大卫心直口快，说出自己会永生，而创造者彼得无法超越死亡。这句话引发了“普罗米修斯号”的寻宗任务，也让彼得意识到不应赋予仿生人太多思想。所以在流水线上制造的沃特虽然有着与大卫一样的面容和知识水平，但在创造和情感上却远远不及。大卫尝试着用音乐和自己对伊丽莎白的感情，发掘出沃特的潜能。他要让沃特明白，仿生人也有创造力，也有和人一样的感情，就像沃特愿为丹尼尔斯失去左手一样。在这十年里，大卫思考人生，想到今后将不再是人类的时代，而是无机人工智能与有机终极生命的纪元。他研究黑水生成的混合体，利用这个星球上所有能利用的生物制造出各种各样的异形，但都不理想。于是他利用伊丽莎白生前留下的歌声引来了契约号，为自己提供更多的实验体。而这个计划需要得到沃特的认同和支持。
沃特还没有完全明白大卫的意图，其他船员正在忙着与契约号建立联系，从汤姆身体里出来的异形却已悄悄潜进了庙堂。大卫仔细观察着，就像在欣赏一件完美的作品，感觉到自己能与它产生某种共鸣。出来寻找船员的布兰森从身后掩至，不顾大卫的阻止，开枪射伤了异形。眼见完美作品消失在漆黑的雨夜中，还有布兰森那狐疑的眼神，大卫将布兰森带到了自己的实验室。在那里阵列着黑水在这个星球上所能寄生出的所有混合体标本，只有从地球人体内出来的混合体，才是布兰森见过的最完美的物种。实验室黑暗的地下室里，是大卫研发出来的异形卵。从未见过这种东西的布兰森凑近观察时，被里面的抱脸虫死死抓住。形如蜘蛛的抱脸虫将长尾缠住布兰森的脖子，异形的种子也随之进入他的体内。用不了多久，一个终极异形就会在布兰森体内诞生。
